Die Kornnatter zeichnet sich durch einen zierlichen Körper aus, bei dem Kopf, Schwanz und Rumpf unterschieden werden. Ihr Skelett besteht aus dem Schädel und etwa 300 Wirbeln. 200 Wirbel der Kornnatter sind darüber hinaus mit Rippenpaaren bestückt. Die große Anzahle der Wirbel, sorgen für eine große Beweglichkeit und Flexibilität der Schlange.
Der Oberkiefer der Kornnatter, ist nur locker mit dem Schädel verbunden. Der Unterkiefer besteht aus zwei Hälften, den so genanten Kieferkästen. Diese sind nicht miteinander verwachsen. Das Gebiss der Kornnatter, ist mit kleinen nach hinten gebogenen Zähnen besetzt. Mit diesen kann die Schlange ihre Beute festhalten und in den Schlund befördern. Die Zähne einer Kornnatter, werden immer wieder ersetzt wenn sie ausfallen. Die Kornnatter ist eine kleine ungiftige Würgeschlange
Die inneren Organe, entsprechen weitgehend denen andere Wirbeltiere. Sie haben sich lediglich der Schlangenform angepasst. Männliche Kornnattern verfügen über ein paariges Fortpflanzungsorgan, dieses wird auch Hemipenis genannt. Bei der Fortpflanzung kommt jedoch nur einer der Hemipenis zum Einsatz.
